Eläintieteessä esiintyy esimerkiksi lintujen pesimäbiotooppi. Kasvitieteessä biotooppia käytetään kasvupaikan merkityksessä; se on niiden ympäristötekijöiden summa, jotka vaikuttavat kasvin menestymiseen. Biotooppi sisältää eliöitä, lajeja ja laajemmin populaatioita sekä eliöyhteisöjä. Ekosysteemimuodostuu eliöyhteisöjen ohella niiden elottomasta ympäristöstä, ja nämä siis sisältyvät biotooppiin.