Ekosysteemejä rajaavat maantieteelliset rajat tai niiden elottoman osan luontaiset rajat, mutta ekosysteemin rajat ovat yleisesti melko häilyvät. Muutaman neliömetrin lammikko voidaan suhteellisen helposti määritellä ekosysteemiksi, mutta esimerkiksi metsätyyppien rajaaminen on huomattavasti vaikeampaa. Koska luonnossa kaikki ekosysteemit ovat yhteydessä toisiinsa yhteisen ilmakehän kautta, on ekosysteemien erottaminen toisistaan täysin riippumattomiksi yksiköiksi mahdotonta. Laajimmillaan koko maapallo voitaisiin rajata yhdeksi ekosysteemiksi. Käytännöllisesti ekosysteemeiksi ovat luokiteltavissa esimerkiksi lampi, järvi, pelto ja metsä.

Ekosysteemiin sisältyvät olennaisina ja pienempiin luokkiin jakautuvina osina biomi, biotooppi, lajirakenne, ravintoketju, vuorovaikutus ja ekologinen sukkessio.