Keskushallinnon organisaatiosta, sen yksiköiden työnjaosta ja johtamisesta päättää kaupunginhallitus hyväksymällään toimintasäännöllä. Keskushallinnon tehtäviin kuuluu esimerkiksi kaupungin yhteisten tavoitteiden määrittely. Muista tehtävistä määrätään muun muassa Vaasan kaupunginhallituksen johtosäännössä. Keskushallinnon johtoryhmään  kuuluvat kaupunginjohtaja, toimialajohtajat  ja kaupunginjohtajan nimeämät muut viranhaltijat.

Keskushallinto koostuu tulosalueista .