Kaupunginvaltuusto valitsee myös kaupunginhallituksen jäsenistöstä kaupunginhallituksen ensimmäisen ja toisen varapuheenjohtajan. Kuntalain mukaan myös valtuuston toimikaudeksi valittu kunnanjohtaja voidaan valita kunnanhallituksen puheenjohtajaksi. Kaupunginhallituksen puheenjohtajan tehtävistä määrätään Vaasan kaupunginhallituksen johtosäännössä.